################################################### ### chunk number 1: preliminaries ################################################### #line 17 "/home/bates/Documents/slides/2011-01-11-Madison/5GLMM.Rnw" options(width = 70, show.signif.stars = FALSE) data(Contraception, package = "mlmRev") library(lattice) library(Matrix) library(MatrixModels) library(Rcpp) library(minqa) library(lme4a) lattice.options(default.theme = function() standard.theme()) #lattice.options(default.theme = function() standard.theme(color=FALSE)) ################################################### ### chunk number 2: BernoulliLink ################################################### #line 218 "/home/bates/Documents/slides/2011-01-11-Madison/5GLMM.Rnw" logit <- function(mu) { mu <- pmax(.Machine$double.eps, pmin(1-.Machine$double.eps, mu)) log(mu/(1-mu)) } mu <- seq(0.001, 0.999, len = 999) print(xyplot(logit(mu) ~ mu, type = c("g", "l"), xlab = expression(mu), ylab = expression(eta == log(frac(mu, 1-mu))))) ################################################### ### chunk number 3: BernoulliinvLink ################################################### #line 232 "/home/bates/Documents/slides/2011-01-11-Madison/5GLMM.Rnw" linkinv <- function(eta) 1/(1+exp(-eta)) eta <- seq(-7,7,len = 701) print(xyplot(linkinv(eta) ~ eta, type = c("g","l"), xlab = expression(eta), ylab = expression(mu == frac(1,1+exp(-eta))))) ################################################### ### chunk number 4: Contra1 ################################################### #line 445 "/home/bates/Documents/slides/2011-01-11-Madison/5GLMM.Rnw" print(xyplot(ifelse(use == "Y", 1, 0) ~ age|urban, Contraception, groups = livch, type = c("g", "smooth"), auto.key = list(space = "top", points = FALSE, lines = TRUE, columns = 4), ylab = "Proportion", xlab = "Centered age")) ################################################### ### chunk number 5: cm1 ################################################### #line 479 "/home/bates/Documents/slides/2011-01-11-Madison/5GLMM.Rnw" print(cm1 <- glmer(use ~ age + I(age^2) + urban + livch + (1|district), Contraception, binomial), corr = FALSE) ################################################### ### chunk number 6: ch ################################################### #line 503 "/home/bates/Documents/slides/2011-01-11-Madison/5GLMM.Rnw" Contraception$ch <- factor(Contraception$livch != 0, labels = c("N","Y")) ################################################### ### chunk number 7: cm2 ################################################### #line 508 "/home/bates/Documents/slides/2011-01-11-Madison/5GLMM.Rnw" print(cm2 <- glmer(use ~ age + I(age^2) + urban + ch + (1|district), Contraception, binomial), corr = FALSE) ################################################### ### chunk number 8: anovac ################################################### #line 518 "/home/bates/Documents/slides/2011-01-11-Madison/5GLMM.Rnw" anova(cm2, cm1) ################################################### ### chunk number 9: Contra2 ################################################### #line 533 "/home/bates/Documents/slides/2011-01-11-Madison/5GLMM.Rnw" print(xyplot(ifelse(use == "Y", 1, 0) ~ age|urban, Contraception, groups = ch, type = c("g", "smooth"), auto.key = list(space = "top", points = FALSE, lines = TRUE, columns = 2), ylab = "Proportion", xlab = "Centered age")) ################################################### ### chunk number 10: cm3 ################################################### #line 545 "/home/bates/Documents/slides/2011-01-11-Madison/5GLMM.Rnw" print(cm3 <- glmer(use ~ age*ch + I(age^2) + urban + (1|district), Contraception, binomial), corr = FALSE) ################################################### ### chunk number 11: ContraCat ################################################### #line 554 "/home/bates/Documents/slides/2011-01-11-Madison/5GLMM.Rnw" print(qqmath(ranef(cm3, post=TRUE), strip=FALSE)[[1]]) ################################################### ### chunk number 12: urbanRural ################################################### #line 566 "/home/bates/Documents/slides/2011-01-11-Madison/5GLMM.Rnw" cat(head(capture.output(xtabs(~urban+district, Contraception)),7),sep='\n') ################################################### ### chunk number 13: cm4 ################################################### #line 573 "/home/bates/Documents/slides/2011-01-11-Madison/5GLMM.Rnw" (cm4 <- glmer(use ~ age*ch + I(age^2) + urban + (urban|district), Contraception, binomial)) ################################################### ### chunk number 14: anovacm4 ################################################### #line 581 "/home/bates/Documents/slides/2011-01-11-Madison/5GLMM.Rnw" anova(cm4,cm3) ################################################### ### chunk number 15: ContraCat2 ################################################### #line 596 "/home/bates/Documents/slides/2011-01-11-Madison/5GLMM.Rnw" print(qqmath(ranef(cm4, post = TRUE))$district) ################################################### ### chunk number 16: ContraSc ################################################### #line 605 "/home/bates/Documents/slides/2011-01-11-Madison/5GLMM.Rnw" print(plot(ranef(cm4), type = c("g","p"), aspect = 1)$district) ################################################### ### chunk number 17: cm5 ################################################### #line 612 "/home/bates/Documents/slides/2011-01-11-Madison/5GLMM.Rnw" print(cm5 <- glmer(use ~ age*ch + I(age^2) + urban + (1|urban:district) + (1|district), Contraception, binomial), corr=FALSE) ################################################### ### chunk number 18: cm6 ################################################### #line 620 "/home/bates/Documents/slides/2011-01-11-Madison/5GLMM.Rnw" print(cm6 <- glmer(use ~ age*ch + I(age^2) + urban + (1|urban:district), Contraception, binomial), corr=FALSE) ################################################### ### chunk number 19: anovacm654 ################################################### #line 628 "/home/bates/Documents/slides/2011-01-11-Madison/5GLMM.Rnw" anova(cm6,cm5,cm4)